A parte de las termitas y la carcoma, hay diferentes hongos (basidiomicetos) que pueden atacar a la madera. Estos hongos necesitan humedades relativas de entre 30 y 60% para desarrollarse, y hay 2 tipos principales, el de la pudrición blanca, y el de la pudrición parda.

Se reconoce por la aparición de tonos blanquecinos en la superficie de la madera y porque en las etapas más avanzadas se pueden desprender las fibras individuales de la madera. Los hongos de pudrición blanca degradan tanto la celulosa como la lignina, produciendo perdidas de peso de hasta el 97%.

Se reconoce por la aparición de colores parduzcos, y en etapas más avanzadas aparecen numerosas líneas cruzadas dando a la madera aspecto de quemada. Las enzimas producidas por los hongos de pudrición parda solo degradan celulosa y hemicelulosa, que son los componentes de la madera que le confieren resistencia, por lo que perdidas bajas de peso de entorno al 5% pueden causar disminuciones de la resistencia mecánica de hasta el 60%. En el caso de las pudriciones pardas los daños pueden ser de los más severos de los causados por hongos debido a que las enzimas producidas por las pueden desplazarse bastante lejos en el interior de la madera, produciendo daños mucho más allá de la zona en que el hongo es visible.

Para el tratamiento de los hongos xilofagos el método mas eficaz consiste en la inyección y pincelación de productos específicos para este tipo de enfermedades de la madera.

Mediante la inyección, que se realiza a alta presión a través de tacos con válvulas de no retorno previamente instalados, se distribuye el producto por el interior de las vigas o estructuras. La pincelación protege la superficie de la madera e impide el desarrollo de los órganos de reproducción de los hongos, impidiendo que la enfermedad se extienda, la pincelación es también la alternativa a la inyección en muebles o piezas de madera mas fina (el producto utilizado tiene alta penetrabilidad).